上海市医学会消化系病专科分会隶属于上海市医学会，上海市医学会成立于1917年，迄今已有90余年的历史。成立之初冠名"中华医学会上海支会"，1932年12月起改称"中华医学会上海分会"。1991年开始使用现名至今，对外开展国际学术交流活动时仍使用"中华医学会上海分会"名称。是我国知名度高、权威性大的医学科技学术性团体之一，并荣登全国省市级学会20强之首。
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