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首页 > 培训课程 > 生物/医学培训 > 单细胞测序数据分析与研究思路实战培训 更新时间:2020-12-23T14:30:37

单细胞测序数据分析与研究思路实战培训
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单细胞测序数据分析与研究思路实战培训 已截止报名
推荐参加:

课程时间: 2021-01-23 09:00至 2021-01-24 18:00结束

课程地点: 线上活动 

会议规模:50人

主办单位: 医小白科研培训平台

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        会议通知

        会议内容 主办方介绍


        单细胞测序数据分析与研究思路实战培训

        单细胞测序数据分析与研究思路实战培训宣传图

        背景介绍:

        单细胞测序是从单个细胞水平对基因组和转录组进行研究。2015年以来,10X Genomics、Drop-seq、Micro-well、Split-seq等技术的出现,彻底降低了单细胞测序的成本门槛。自此,单细胞测序技术被广泛应用于基础科研和临床研究。通过单细胞测序可以最大程度的反映细胞的异质性,发现新的细胞群和细胞亚群,并为阐明细胞状态转换的调控机理提供了技术保障。目前在公共数据库中的单细胞测序几乎都围绕常见模式生物来做。人,小鼠,斑马鱼等,涉及正常组织、血液、不同发育阶段样本,疾病类型也各种各样包括肿瘤、免疫细胞、炎症类甚至包括较难研究的神经、肌肉、骨骼等。最重要的是,这些数据一直在增加。是现今生命科学研究的焦点。

        时间地点:

        2021年1月23日—1月24日   腾讯课堂

        课程特点:

        本次课程以近期CNS文章为案例主线,逐一详细剖析,全程电脑实战教学。理论与实践相结合,老师将以最简单易懂的方式,既介绍单细胞测序的研究方法、分析内容和最新前沿进展,又介绍具体的数据库、工具和软件的使用,并在课堂上进行上机指导。讲师经验丰富,教学深入浅出,能让大家获得从单细胞组学原始数据实现CNS图形绘制的实战能力。让每一个接受培训的学员能够从中真正获益。

        授课专家:

        本次授课老师来自中科院系统,长期从事单细胞多组学方面的项目研究,目前已在Nature等杂志发表文章四十多篇,承担国家科技部、国家自然基金委和重点研发计划等多项课题。拥有丰富的科研技术经验,具有资深的技术底蕴和专业背景。

        参会对象:

        医学、生物、农业等专业的各级临床医生、药学、科研单位研究人员、高校硕/博研究生、对利用单细胞测序或公共数据库进行数据挖掘感兴趣的广大师生(尤其适合初学者和无基础的学员,无需任何基础,也无需学习任何编程语言)




        查看更多

        会议日程 (最终日程以会议现场为准)


        课程安排:

        课程安排

        第一天上午

        9:00-10:30

        单细胞测序技术与应用

        1. 单细胞组学技术发展历程和原理介绍。

        2. 单细胞测序技术在科研领域的应用。

        3. 近年单细胞技术CNS文章思路解析。

        10:30-10:45

        茶歇

        10:45-12:00

        单细胞测序图标解读及思路

        4. 单细胞文章常见图表解读。

        5. 单细胞组学技术在癌症、发育、免疫及在植物等领域的研究内容及思路。


        12:00-13:30

        午餐及午休

        第一天下午

        13:30-15:30

        Linux及R语言入门、软件安装

        1. 常规基础Linux命令入门讲解及实操训练。

        2. R语言简介及安装,RStudio的安装及使用说明。

        3. R语言语法介绍及常用命令。

        15:30-15:45



        15:45-17:00

        R语言数据处理实操

        4. 数据处理功能及统计应用。

        5. R语言画图实操:tSNE,小提琴图,热图,网络图,GO、KEGG富集图,GSEA等图形绘制。


        17:00-18:00

        晚餐及休息

        第一天晚上

        18:00-21:00

        单细胞转录组数据分析思路及流程

        1. 单细胞高分文章分析思路解析(细胞类群确定、拟时间分析、差异表达、通路富集、转录因子、配体受体互作等)。

        2. 单细胞转录组比对、定量、分群及拟时间分析等软件及参数。

        3. 单细胞转录组转录因子、功能通路及配体受体互作思路解析。

        4. 单细胞组学分析常用数据库介绍及使用。

        5. 基因富集分析和可视化。

        第二天上午

        8:45-10:30

        单细胞数据可视化、细胞分型

        1. 10X官方单细胞软件Cellranger讲解及实操。

        2. 从基因表达矩阵开始到marker基因筛选全过程讲解及实操。

        3. 通过Seurat软件进行PCA及tSNE降维。

        10:30-10:45

        茶歇

        10:45-12:00

        单细胞数据marker鉴定及差异分析

        4. 单细胞转录组细胞鉴定及聚类分析。

        5. 通过Seurat及GSVA等进行单细胞转录组差异分析。


        12:00-13:30

        午餐及午休

        第二天下午

        13:30-15:00

        单细胞数据轨迹分析,功能富集

        1. 通过Monocle软件进行单细胞转录组拟时间分析。

        2. 通过DAVID及metascape网站进行通路富集分析。

        3. 单细胞数据分析总结。

        15:00-15:15

        茶歇

        15:15-17:00

        单细胞数据挖掘思路及标书构思、准备

        1. 归纳总结零成本单细胞数据挖掘思路。

        2. 单细胞测序基金申请思路、准备内容及注意事项等。

        备注:上课主要软件为R和Rstudio,涉及部分Linux系统,讲师会详细带着操作;

        查看更多

        会议嘉宾


        即将更新,敬请期待

        参会指南

        会议门票


        票种名称 价格 原价 票价说明
        早鸟票 ¥2600 ¥2600 发票可开:培训费、资料费、会务费、会议注册费;
        普通票 ¥2800 ¥2800 发票可开:培训费、资料费、会务费、会议注册费;
        团购票 ¥2500 ¥2500 发票可开:培训费、资料费、会务费、会议注册费;

        查看更多

        温馨提示
        酒店与住宿: 为防止极端情况下活动延期或取消,建议“异地客户”与活动家客服确认参会信息后,再安排出行与住宿。
        退款规则: 活动各项资源需提前采购,购票后不支持退款,可以换人参加。

        标签: 单细胞测序

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