分子动力学模拟GROMACS初级培训班已截止报名
推荐参加：第十二届中国核电信息技术高峰论坛暨核电行业数字化转型论坛（NITF 2024）

会议时间： 2018-04-21 08:30至 2018-04-23 17:30结束

会议地点：北京北京应物会议中心（花园路店）海淀区花园路6号周边酒店预订

会议规模：200人

主办单位：格致斯创迅奇（北京）科技有限公司

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会议通知
大会内容主办方介绍

分子动力学模拟GROMACS初级培训班宣传图

时间：2018年4月21~23日地点：北京应物会议中心

格致斯创已成功举办多次系列软件培训班，学员达到上百名，收到越来越多的模拟计算软件爱好者的支持和好评，为了满足更多的学员能够有机会参加学习，格致斯创公司将于2018年4月21~23日在北京应物会议中心举办“分子动力学模拟GROMACS—初级培训班”欢迎各位老师和同学报名参加！

GROMACS是一款功能强大的分子动力学计算软件，开源免费，可扩展性强，计算速度快，主要用于蛋白质、磷脂、核酸等生物体系的模拟，亦可用于聚合物、超分子自组装等非生物体系的大尺度分子动力学计算。支持Amber、CHARMM、GROMOS、OPLS和粗粒化Martini等多种分子力学力场模型。力场和参数文件为纯文本格式，方便用户编辑。同时，集成了多种命令处理输入和输出文件，且所有命令具有近似统一的调用格式，简单易学，吸引了越来越多从事生物分子模拟的科研工作者使用。

本次基础培训班可以为广大GROMACS初学者提供一个良好学习平台，在较短的时间内对分子动力学理论以及GROMACS使用的基础知识进行更有效的掌握，为今后更深一步的分子动力学模拟打下坚实的基础。

所有来参加培训的学员都可以进行上机操作练习，由中国吕梁云计算中心将为学员提供充足稳定的测试资源，中心采用天河二号主机系统，全系统峰值性能3.28Pflops，每个计算结点包含2个Xeon E5 12核心的多核中央处理器和3个Xeon Phi 57核心的众核加速器，共195个计算核心。每个结点拥有64GB主存，而每个Xeon Phi协处理器板载8GB内存，故每结点共88GB内存。每个计算节点峰值浮点性能3.432TFlops。相信优质稳定的测试资源会给每位学员带来愉悦的体验，得到更多的收获。

格致斯创迅奇（北京）科技有限公司

格致斯创(北京)科技有限公司成立于2014年，公司地址位于北京市西城区，地理位置优越。作为中国高性能计算和材料计算模拟的新生代，公司依托国家级超级计算中心与高等院校等各类研究机构的强大科研力量，为中国的学术和产业研究机构提供包括计算资源、科研咨询、技术攻关、软件研发等全方位的技术服务。在当今全球范围兴起“云计算”、“大数据”等新型研究方式的大环境下，公司以高性能超级计算资源和材料学计算模拟为核心服务，以推动我国的科技创新为宗旨，为开拓相关技术在国内的应用领域而努力。

会议日程（最终日程以会议现场为准）

►培训课程：

第一天
8:30--9:00	学员报道，领取资料
9:00--11:30	分子模拟简介；分子模拟方法的选择；分子动力学理论：模拟框架、积分方法、分子力学、系统、常用软件等。
13:30--17:00	生物分子三维结构展示软件学习（Discovery Studio Visualizer） GROMACS的编译/Linux基础/作业提交 GROMACS文件类型与参数设置

第二天

8:30--11:30

GROMACS上机实践1

溶剂体系

利用GROMACS完成水和有机溶剂（甲醇和环己烷）的模拟，进行温度、密度、偶极矩、介电常数、蒸发焓、扩散系数、径向分布等计算分析。

学员在此阶段可学习Amber力场参数的构建、标准的分子动力学计算流程以及GROMACS内置的数据分析程序，以及加深对GROMACS文件类型、分子处理、参数设置和关键命令的理解。

13:30--17:00

GROMACS上机实践2

蛋白质/蛋白质-配体复合物体系

利用GROMACS完成蛋白质、蛋白质/配体在水溶液中的模拟计算，分析蛋白质的柔性、二级结构、亲/疏水面积、回旋半径、蛋白质/配体的结合能、距离、氢键等分析，并利用Discovery Studio Visualizer制作高质量三维结构图片。

学员在此阶段可学习GROMACS对蛋白质和配体坐标文件的处理命令，了解软件对混合分子体系（蛋白质/配体/离子/水）的参数设置，进一步掌握GROMACS软件对蛋白质体系的分析程序。

第三天

8:30--11:30

GROMACS上机实践3

双相体系

利用GROMACS完成双相体系（甲醇/水、环己烷/水）的设置以及核酸片段在双相体系中的分子模拟。

学员在此阶段可学习GROMACS对混合溶剂体系的处理和构建以及VMD软件对模拟轨迹文件的可视化，复习混合分子体系参数的设置，了解GROMACS对核酸分子的处理，尝试手动编辑力场参数文件。

13:30--17:00

GROMACS上机实践4

全原子和粗粒化分子动力学模拟实例讲解。通过多个实例的演示，加强学员对GROMACS软件适用范围、mdp和top文件类型的编写、系统平衡、时间步长选择、力场参数选择和构建、出错调试等一系列重要问题的认识。

答疑解惑，互相讨论。

会议嘉宾（最终出席嘉宾以会议现场为准）

►主讲人介绍：

张老师，工学博士，有丰富的GROMACS使用经验，运用GROMACS所做的科研工作已发表在Journal of Physical Chemistry Letter，Journal of Chemical Theory and Computation，Journal of Chemical Information and Modeling等国际学术刊物。