基因组关联分析技术应用培训班

日期

授课题目

授课内容

第一天

基因组关联分析理论基础

1. 基因组学与生物信息学概述；

2. 基于群体遗传的数据获取；

3. 基因组关联分析的原理、数模、策略及常用软件介绍；

4. 常用GWAS数据库介绍；

Plink软件基础应用

1. Plink软件应用；

2. Plink文件格式生成与解析；

3. 等位基因频率计算；

4. 哈-温平衡计算；

5. 目标区域数据提取；

6. 基因组关联分析流程；

7. 关联分析结果分析与p校正；

第二天

基因型填充Imputation

1. 基因型填充Imputation的原理及应用；

2. Beagle软件介绍与应用；

3. 基因组填充的方法与分析流程；

4. 1000G数据应用

Plink软件进阶应用

1. 基于家系的关联分析；

2. 曼哈顿图的绘制与结果展示；

3. SNP位点的condition分析；

4.  Meta gwas数据分析；

第三天

Haploview软件

1. Haploview软件应用；

2. Haplotype单倍型分析；

3. LD连锁不平衡指数计算；

4. SNP marker之间的r2、D值等计算；

Tassel软件

1. Tassel软件应用；

2. Tassel基于命令行的批量数据分析；

3. 生物多样性指数、PCA、遗传距离计算等；