会议介绍
|
日期 |
授课题目 |
授课内容 |
|
第一天 |
概述 |
1. 生物信息学数据处理概述； 2. Perl语言简介特点与数据处理的优势与应用范围 |
|
运行调试 |
3. Perl语言解释器、编辑器安装； 4. Perl运行环境测试与程序编写； 5. UltraEdit软件应用与生物信息学数据文件处理； 6. 基于宏的perl语言快速编程 |
|
|
操作基础 |
7. Perl语言基本变量、操作符、判断结构；循环结构； 8. Perl语言常用函数的功能应用； 9. 生物学数据文件的读入与输出； 10. 生物信息学常见文件的分割、合并、过滤、信息提取等； 11. 批量自动化数据文件操作 |
|
|
第二天 |
生物信息实例应用 |
12. 常用生物信息学数据文件格式简介； 13. 用perl从NCBI、ENA等数据库批量下载基因序列； 14. 用perl进行生物学数据文件格式转化； 15. 用perl编程从Fasta、GBK、Fastq、PDB等提取关键生物学数据信息； 16. 用perl批量自动化下载基因序列； 17. 用perl进行DNA到protein批量翻译； 18. 用perl批量DNA序列反向互补； |
|
高级数据处理 |
19. Perl语言的数组、二维数组、hash表用法； 20. 用perl自动化从表格数据提取信息； 21. 矩阵数据文件的生成与应用 22. 二代测序NGS、GWAS等生物信息分析中perl的应用 |
|
|
第三天 |
模块与子程序 |
23. perl子程序与模块应用； 24. 强大的正则表达式的应用； 25. 用perl进行基因ID列表比较、筛选与统计； |
|
Perl的高级应用 |
26. Perl第三方代码库CPAN的简介与应用； 27. Bioperl模块与应用； 28. 常用生物信息学程序实例； 29. 用perl进行批量自动化本地blast比对及数据分析； 30. 多序列自动化比对与系统进化树构建； 31. 基于perl的circos基因组作图工具介绍； |
（此表仅供参考，授课内容以实际授课为准）
【培训内容】 Perl语言作为绝大多数生物信息学工作者首选语言之一。北京市计算中心生物计算事业部针对没有任何计算机语言的生物学、医学、农学等人员，且有从事生物信息学工作相关研究工作的需要。欢迎您报名参加！
举办地：北京，北京市海淀区丰贤中路7号北科产业3号楼
培训时间：2017年4月7日-9日 （报名中）上午9：30-12：00，下午13：30-17：30
【培训特色】
1、对口生物信息；
2、非严格语法，适合初学；
3、功能强大、跨平台；
4、有巨大的第三方代码库CPAN