上课时间

授课题目

授课内容

第一天

9：30-12：00

生物信息学导论与前沿

1、生物信息背景与研究进展；
2、新一代测序技术前沿介绍；
3、10X Genomics测序技术与平台介绍；（1h）

生物信息学数据库
及公共资源介绍

1、生物信息学数据库与公共生物信息资源与应用NCBI数据库介绍：PubMed、GenBank、Entrez等，数据查询检索；GEO、SRA数据库使用；
KEGG数据库介绍；

13：30-17：00

生物信息学基础
（上机操作）

1、linux基础：
掌握Linux系统下的常用命令
掌握linux环境下软件的安装使用
了解shell脚本的编写
2、perl基础：
介绍Perl 的基本元素
Perl在生物信息中应用示例

第二天

9：30-12：00

二代测序技术原理及
基因组拼接

1、介绍目前主流二代测序仪的测序原理；
2、主要操作流程及特点；
3、序列拼接的技术方法；
4、常用软件及全基因组个性化组装的技巧；

13：30-17：00

基因组拼接组装
（以细菌/病毒为例）
（上机操作）

1、全基因组组装的流程介绍；
2、原始测序数据的预处理；
3、分别介绍Velvet和SOAPdenovo的使用，并以一株细菌的测序数据为例进行组装；
4、介绍Newbler的使用，并以噬菌体数据为例进行组装；
5、以细菌的数据为例，介绍填补gap的方法，包括延伸法，局部拼接法；

第三天

9：30-12：00

基因组重测序与数据分析

1、讲解基因组重测序的概念、目的与应用；
2、结合实例讲解其原理、类据类型与格式、操作流程、软件等相关知识；

13：30-17：00

基因组重测序数据分析
实例（上机操作）

1、对二代测序数据的解读；
2、数据质量控制及数据过滤；
3、使用BWA和Samtools进行数据比对并对比对结果进行可视化；
4、寻找SNP和Indel并进行注释；
5、寻找结构变异并对变异进行注释；

第四天

9：30-12：00

转录组测序与数据分析

1、转录组基本概况和研究前沿介绍：包含mRNA/miRNA/lncRNA/circRNA及全转录本和ceRNA的概念介绍；
2、转录组测序技术流程及技术细节；
3、转录组芯片主流产品介绍(1h)；
4、转录组应用案例；

13：30-17：00

转录组数据分析实例
（上机操作）

1、转录组数据准备和软件介绍及安装；
2、转录组数据的比对；
3、表达量估计和分析；
4、后续功能分析简介；

第五天

9：30-17：00

测序和芯片数据二次分析与文章发表应用

1、利用DAVID免费在线分析工具进行基因功能分析，结果解读；
2、基于String、DIP等数据库的蛋白质相互作用分析与图形可视化；
3、利用Cytoscape 绘制生物分子交互作用复杂网络图、生物学通路的方法及技术应用；
4、利用ENCOLD、RegulomeDB对疾病突变位点进行功能性分析；
5、利用R的绘图命令绘制常见的图表（散点图、条形图、文氏图、饼图、盒形图、频率直方图及热图等的绘制）