海军总医院消化内科建于1977年，其前身是海军总医院内科消化组。1980年建立海军第一间消化内镜检查室, 1982年建立海军消化系统疾病实验室。在国内首先将孟氏液应用于消化道出血治疗，是率先开展小肠镜检查、进行小肠吸收不良研究的单位之一， 2009年被国家食品药品监督管理总局认定为国家药物临床试验机构，2009年经中华人民共和国卫生部、中国医师协会消化医师分会、中国健康促进教育协会批准开设了全国胃食管反流病的专病门诊。
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