南方医科大学药学院是原第一军医大学移交广东省后，于 2005 年 6 月新成立的学院。从 2010 年 1 月起，学院全面试行学科组负责制（PI制），建有 3 个中心（药学教学中心、化学教学中心和实验中心），12 个学科组。 2014年 9 月，成为南方医科大学首批两个“试点学院”之一，对原有组织机构架构进行改革，现有 4 个办公室（党政办公室、教学办公室、科研办公室和学生工作办公室），4 个中心（教学中心、实验中心、科技开发中心和药学协同创新中心），14 个PI学术团队。
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