2020生物数据分析技能2.0实训会(总第22期,1月合肥班)

2020年01月10日 - 01月12日
合肥
¥3200 起

会议介绍

【会议嘉宾】 【培训日程】

培训日程(所有课程均含上机实践)

日期

时间

授课题目授课内容
1月10日           

16:00-21:00

培训签到-领取资料
1月11日

08:00-08:30                   

软件安装,调试运行                       

08:30-10:30

表达谱差异数据挖掘
  • 差异表达基因集(DEGs)分析策略。
  • GEO数据库检索及数据集在线分析。
  • 利用GEO2R在线工具筛选获得差异表达基因集,并获得TCGA数据库交集结果。

10:30-12:00

表达谱数据聚类分析

  • 利用ArrayTools软件(设置各项参数)处理GEO数据库下载的表达谱数据。
  • 表达谱数据聚类分析。
  • 聚类图形优化工具。

14:00-17:30

基因集功能富集分析
  • 利用DAVID、Metascape在线工具进行基因集功能富集分析(GO MF、GO BP、GO CC;KEGG Pathway)。
  • 绘制或下载基因集功能富集图。
  • 基因集韦恩图分析。
  • 基因集ID多元转换。
19:00-22:00基因集相互作用分析
  • 利用String在线工具(设置各项参数)获得基因集相互作用结果。
  • mRNA-miRNA、miRNA-lncRNA、miRNA-circRNA、mRNA-circRNA相互作用分析。
1月12日

08:30-12:00

交互作用数据可视化
  • 利用Cytoscape软件进行基因注释、分子间相互作用、基因集差异表达的可视化分析。
  • 批量修改交互网络的节点、边、背景属性。
  • 利用Cytoscape App进行基因集交互网络的GO富集分析、文本挖掘、关键/瓶颈基因及核心基因筛选。
  • 高分辨率可视化结果的保存与输出。

13:30-16:00

共表达调控网络构建
  • 构建基因集差异共表达Pathway/circRNA-mRNA-miRNA-lncRNA/circRNA调控网络。
  • 靶点基因分析策略。
【课程介绍】

生物医学已进入大数据时代,借助生物医学多组学、多层次的海量数据,可以从前所未有的广度和深度来研究生物体运行机制。由于生物医学数据多呈分散复杂特征,以海量数据挖掘与分析为主体内容的生物信息学技能就成为科研必要手段,如疾病的病因学、临床诊断标志物、治疗或作用靶点识别,关键大分子的发现与功能预测,以及遗传调控机制等方面。本课程曾先后用名《基因序列分析技术》和《功能基因组信息分析技术》,后将上述两门课程整合更名为《生物数据分析技能》,此前共计举办了21期。自本期会议起,会议升级为《生物数据分析技能2.0》,对课程内容与培训日程进行了大幅度调整,递进式专注讲解高通量数据解析:表达数据挖掘→共表达(聚类、富集、相互作用)分析→构建调控网络,以顺应学科发展和满足学员实际需要。授课继续沿用主讲教师独创的TPS(Teaching-Practicing-Showing)教学模式,着力于以真实问题为引线,将理论授课与上机实践有机地融为一体,逐步介绍涉及的各项技能,指导学员将其融会贯通并应用到课题研究中。TPS教学模式多年来在本科、研究生教学及20余期各类培训会议中取得了极佳的教学效果,受到广大学员的一致好评和推崇。

时间地点:

2020年1月10日-12日(周五-周日)(周五报到,周六-周日授课两天一夜)

合肥伯爵世家酒店(合肥市瑶海区北二环双七路156号)

主办单位:

北京华斯泰生物医学科技有限公司

拟邀嘉宾

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